Bioinformática

La seqüenciació i l’estudi de les modificacions de l’ARN

  • 26 de Noviembre de 2019
  • 1 min de lectura
Modificacions ARN
Foto: Arxiu ESCI-UPF

Eva Nova, líder del grup de recerca en regulació gènica, cèl·lules mare i càncer al Centre de Regulació Genòmica (CRG), ha fet una xerrada sobre les modificacions de l’àcid ribonucleic (ARN) als alumnes de primer del BDBI.

Novoa ha explicat que a dia d’avui hi ha comptabilitzats més de 100 tipus diferents de modificacions de l’ARN i que, gràcies a les investigacions dels últims anys, s’ha descobert que són reversibles. Aquesta reversibilitat és el que permet regular la funció de les cèl·lules, i el que encara es desconeix és si aquestes modificacions juguen cap paper en l’herència epigenètica transgeneracional.

A continuació ha parlat sobre el primer mètode que va permetre seqüenciar les modificacions epigenètiques sobre l’ARN, l’m6A-Seq, i els mètodes més habituals que es fan servir per detectar-les: ela captura mitjançant anticossos i la modificació química, sempre previs a l’estratègia de seqüenciació. Aquests dos últims mètodes, però, només permeten estudiar un nombre força limitat de modificacions en l’ARN, de manera que ha calgut desenvolupar-ne de nous per conèixer millor com, on i quan es produeixen aquests canvis.

Arribats a aquest punt, Novoa ha fet referència a les tecnologies de seqüenciació de segona i tercera generació. Les de segona generació, com el desenvolupat per Illumina, seqüencien a partir de la còpia de l’ADN: és el què es coneix com a seqüenciació per síntesi. En les de tercera generació, com la desenvolupada per Oxford Nanopore, no és necessària la còpia de l’ADN i es detecta la interferència elèctrica particular de cada nucleòtid, modificat o no, en creuar una membrana sensora a través d’un canal minúscul.

Els avenços aconseguits amb tecnologies com les de Nanopore han canviat i canviaran la manera de fer ciència, ja que permet seqüenciar i prendre mostres fora del laboratori i augmentar la velocitat de diagnosi.

Al final de la xerrada, Novoa ha explicat com José Miguel Ramírez, un alumni del BDBI que va fer les pràctiques al seu laboratori, ha col·laborat en l’elaboració d’un paper sobre modificacions de l’ARN analitzades a través del software CURLCAKE. I per últim, ha encoratjat els alumnes a mostrar-se proactius, a no perdre les ganes d’aprendre i a ser crítics amb les dades per entendre què és allò realment important.

También te puede interesar