Bioinformatics

Science Bits: Entrevista a Edgar Garriga

“Mai havia pensat fer un doctorat”

  • November 18th, 20
  • 4 mins de lectura
Alineaments de múltiples seqüències
Foto: Edgar Garriga

Edgar Garriga, enginyer informàtic de formació, actualment és estudiant de doctorat i en aquesta entrevista explica en quin l’àmbit en què es mou la seva recerca.

Edgar Garriga, estudiant de doctorat al laboratori de Bioinformatics and Genomics al CRG, ens explica quina ha estat la seva trajectòria personal fins arribar a fer recerca en Bioinformàtica.

Explica’ns què vas estudiar i per què ho vas escollir.

Vaig fer el grau en Enginyeria Informàtica a la Universitat de Múrcia. Estava dubtant entre Informàtica i Arquitectura, ja que sempre m’ha agradat “crear”, però quan vaig veure les assignatures d’Arquitectura (Física I, Física II, Física III, etc.), em vaig decantar per la Informàtica.

Pensaves dedicar-te a la recerca quan vas acabar el grau? Què et va motivar a dedicar-te a fer recerca?

D’entrada no. Potser fent recerca o ciència sí que podia veure’m, però fent un doctorat mai. Mai m’havia plantejat fer recerca, però les coses van sortint i estem improvisant.

Vaig conèixer la bioinformàtica durant la meva aventura als Estats Units d’Amèrica, on vaig fer el treball de final de grau. Allà és tot força diferent i em van proposar fer un projecte multidisciplinari conjuntament amb un físic i dos biòlegs. Aquest projecte consistia a crear un portal on havíem de generar llibreries d’ADN de forma aleatòria fent ús de la termodinàmica.

En una parada tècnica, arribant dels EUA i preparant-me per anar a Brasil, vaig passar per Barcelona i em vaig adonar que era febrer i feia un dia calorós i assolellat. La meva intenció era fer un màster en Informàtica a Noruega, però aquell sol de justícia i una cerca a Google de “Màster en Bioinformàtica Barcelona” em van fer anar a parar al màster de la UAB. El meu tutor de tesi era també el meu professor i em va animar a endinsar-me a la recerca fent el doctorat.

Quines línies de recerca seguiu al vostre laboratori? Ens podries explicar en què consisteix la teva investigació?

Estic al grup de Comparative Bioinformatics del CRG on la idea principal és la “comparació”: si no sabem l’origen de les coses, comparant-les podem entendre què ha passat. Treballem en alineaments de múltiples seqüències (MSA), comparatives en filogènia, entre d’altres. S’han dut a terme diferents treballs relacionats amb la Leishmània, transmissor de la leishmaniosi. N’hi ha un que trobo especialment interessant que tracta sobre la reproductibilitat i la computació al “cloud”.

La meva tesi està centrada en els alineaments de múltiples seqüències, el repte és aconseguir alineaments de qualitat a gran escala (Big Data). Normalment, els alineaments perden qualitat quan hi ha més de 1.000 seqüències arribant a ser impossible fer l’operació si parlem de més de 500.000 seqüències. Hem aconseguit crear una nova estratègia on hem estat capaços d’alinear més de 1.4 milions de seqüències, millorant la qualitat de l’alineament un cop superem les 1.000 seqüències, sent més ràpids i eficients.

Què tens pensat fer quan acabis el doctorat?

Mai ho he tingut clar, he decidit gaudir del doctorat. Des de l’inici, molts dels doctorands tenien molt clar què fer i com preparar la seva carrera científica. Jo he vingut aquí a aprendre i gaudir. Tinc clar el què no m’agrada: la precarietat, els contractes de sis mesos, la gimcana per publicar, etc. Però m’agrada la ciència, la docència… La curiositat va matar al gat, però el gat va morir sabent.

De broma, quan vaig començar vaig dir que el pla Z era anar a vendre cocos i muntar un centre de busseig/multiaventura a Malàisia, i cada cop ha anat pujant al rànquing i a hores d’ara ja estarà pel top 5.

Volia fer estades a l’estranger i així posar una mica el peu en un altre laboratori, però amb la pandèmia no ha estat possible.

M’agradaria quedar-me per aquí (Barcelona, País Basc…). Però aquí… No crec que la recerca no estigui valorada, sinó que està maltractada. Així que la idea seria anar a algun centre europeu (EBI, Sanger, Pasteur), tornar als EUA o fins i tot anar als Emirats on he tingut algun contacte.

Però avui en dia no ho tinc clar. Puc seguir en recerca, tornar a la informàtica o dedicar-me al tema humanitari.

Amb quines activitats complementes la teva vida professional? (hobbies, esports, voluntariat, alguna altra feina…)

Vaig començar a tocar l’ukelele i no ha anat malament del tot. M’agrada molt l’esport, en especial la natació, el bàsquet i l’escalada. Però potser una part important de la meva energia fora del doctorat va cap el voluntariat. Des dels catorze anys he estat lligat al voluntariat i rescat d’una manera o d’un altre, però va ser l’any 2017 quan vaig fer un pas més vaig marxar a una petita illa grega de l’Egeu on vaig conèixer el drama humà i la mort dels refugiats en la seva ruta cap a territori segur.

Des de llavors, i amb la inestimable cooperació del meu supervisor, he seguit col·laborant amb la problemàtica dels refugiats. Fent missions de rescat al Mediterrani central i al Mar Egeu, o en activitats de difusió per tota Catalunya.

Què li diries a algú que estigui acabant el grau de Bioinformàtica?

Que gaudeixi. A vegades sembla que vulgui ser un “llibre d’autoajuda”, però és el que sento. Si us ve de gust fer el pas cap a la ciència, feu-ho! Que voleu començar un doctorat aquí o a fora? Feu-ho! Que teniu curiositat per la indústria o les farmacèutiques? Feu-ho! Que voleu muntar una start-up? Endavant!

Crec que és una “tonteria” fer les coses “perquè sempre s’han fet així”. S’ha d’intentar fer el què creus que et farà feliç, el què alimenta les teves ganes d’aprendre, la curiositat, la productivitat, la innovació, etc. I si després te n’adones que no és el què pensaves, pots canviar el rumb, no passa res per dir “m’he equivocat” o “no és el què m’esperava”.

Jo vaig començar el doctorat per curiositat i per enfrontar-me a nous reptes i, tot i tenir moments alts i baixos, he après molt i ho he gaudit també. Si hagués volgut una millor nòmina i estabilitat potser m’hagués quedat en el camp de la informàtica, però m’apassiona descobrir de nou la biologia o veure on estan els “límits” de la computació en el món de la bioinformàtica.

I si feu el pas per fer un doctorat, penseu que no és “l’enemic”, és una etapa per aprendre i passar-ho bé, on pots trastejar en temàtiques que possiblement ningú altre ho fa. S’han de buscar aficions durant el doctorat, la teva vida no pot ser 24/7 la feina del laboratori, és important desconnectar. El doctorat és com una muntanya russa, però no crec que sigui una etapa de patiment extrem.

 

Alexis Molina, alumni del grau en Bioinformàtica
Laura Serra, alumna del grau en Bioinformàtica


Science Bits és una secció d’ESCIUPFNews que recull entrevistes a estudiants de doctorat de diversos àmbits lligats a la Bioinformàtica.

También te puede interesar