Bioinformatics

Science Bits: Entrevista a Carles Pérez

“Desenvolupo software per al disseny de fàrmacs”

  • 03/06/2021
  • 3 mins reading time
  • Catalan
Fàrmacs Science Bits
Foto: Carles Pérez

Carles Pérez, estudiant de doctorat a l’Electronic and Atomic Protein Modelling Group del Barcelona Supercomputing Center, ens acosta la seva recerca i repassa la seva trajectòria acadèmica.

El disseny de fàrmacs és una disciplina que necessita tant d’elements experimentals, en un laboratori tradicional, com de recerca computacional. Aquesta última, a mesura que la capacitat de càlcul creix i noves metodologies es desenvolupen, juga un paper més central en la creació de nous compostos. L’acceleració de processos, la reducció de costos i la capacitat de filtrar i simular milions de compostos sense síntesi fan que el disseny computacional sigui un punt focal per a recerca i indústria.

Explica’ns què vas estudiar i perquè ho vas escollir.

Vaig estudiar el grau en Ciències Biomèdiques a la UAB. Durant l’ESO sempre em va despertar molt d’interès el món de la biologia i les ciències en general. Recordo, un cop arribat al batxillerat, donar el tema de «la cèl·lula». Em vaig quedar fascinat del grau de complexitat que hi havia darrere d’un organisme tan petit. Immediatament em vaig fer la següent pregunta: “si una simple célula és tan complexa, com pot funcionar el cos humà?”. Allà va néixer el meu interès per la medicina com a ciència. Això em va portar a triar entre medicina i biomedicina. Com tenia clar que no volia tractar amb pacients i que preferia «mantenir-me a l’ombra», al final em vaig decantar per la segona opció.

Després d’acabar el grau, vaig fer el Màster en Bioinformàtica per Ciències de la Salut, a la UPF. Vaig triar aquest màster per diversos motius. A la carrera, vam tenir una assignatura de Bioinformàtica on vam tocar molt la part estructural i la veritat és que em va encantar. Després, cap al final del grau, vaig tenir bastanta mala experiència en el laboratori on feia les pràctiques i vaig decidir que volia allunyar-me de les provetes i apostar per tecnologies del futur. Així que vaig reorientar el meu TFG cap aquest camp i em vaig inscriure al màster.

Pensaves dedicar-te a la recerca quan vas acabar el grau?

A l’inici del grau ja ens van insistir molt en el fet que pràcticament l’única sortida que hi havia era dedicar-se a la recerca i, segurament, fora del país. En aquell moment tenia clar que m’hi volia dedicar, fins que vaig fer les pràctiques del grau, on vaig veure la crua realitat del què significa investigar en wet lab (a part dels requeriments que demanaven). Llavors vaig dubtar sobre a què em volia dedicar. Simplement volia abandonar aquell ambient.

Quines línies de recerca seguiu al vostre laboratori? Ens podries explicar en què consisteix la teva investigació?

El nostre grup, Electronic and Atomic Protein Modeling (EAPM) liderat pel doctor Victor Guallar, es dedica al modelatge de processos bioquímics i biofísics, a escala atòmica i molecular. Seguim tres línies principals de recerca: disseny de fàrmacs, enginyeria d’enzims i desenvolupament de software.

La meva línia d’investigació implica tant desenvolupament de software com disseny de fàrmacs. Resumint molt, he participat en la creació d’una nova metodologia que permet afegir modificacions a fàrmacs alhora que es fa una simulació molecular. Aquests canvis es poden puntuar, de manera que podem classificar ràpidament i amb un bon nivell de precisió els models generats. També utilitzem la nostra tecnologia en casos reals de disseny de fàrmacs. Assessorem els nostres col·laboradors per prioritzar els compostos a provar experimentalment i els seus resultats també ens ajuden a millorar els nostres mètodes.

Què tens pensat fer quan acabis el doctorat?

Voldria poder continuar a la recerca, però de l’àmbit privat. L’anàlisi de dades i el desenvolupament de software són altres dos camps que em criden bastant l’atenció. Com tinc experiència en el món del descobriment de fàrmacs, m’agradaria poder continuar aplicant les habilitats apreses en aquest tema en concret.

Amb quines activitats complementes la teva vida professional?

A causa del confinament i a la COVID-19 en general, he perdut molts dels meus hàbits. Un dels esports que ja m’agradava abans i que ara estic recuperant és l’escalada en bloc (bouldering). Ho practico esporàdicament en rocòdrom. És entretingut i m’ajuda a mantenir-me una mica en forma. També, sempre que puc, m’agrada anar a passejar per la muntanya o qualsevol lloc amb una mica de paisatge natural. Si és amb bona companyia, millor que millor.

Pel que fa al dia a dia, sóc un noi bastant “familiar”. Puc passar llargues estones a casa jugant a algun videojoc, amb l’ordinador o veient alguna sèrie interessant. Si tinc temps, també m’agrada cuinar. M’ajuda a relaxar-me.

Què li diries a algú que estigui acabant el grau en Bioinformàtica?

Bé, el meu missatge potser va més cap a la gent que vol fer recerca. Tingueu en compte que no és un món fàcil. Depenent de la sort i el camp que trieu, haureu de lluitar molt per poder tenir un salari. Quan ja per fi estigueu treballant, molts cops la feina pot arribar a ser frustrant quan les coses surten malament, però després de molt esforç tot surt i aquesta sensació de victòria és una de les millors que es pot tenir. Sempre cal gent que es dediqui a la recerca. Sense aquesta gent no hi ha innovació i sense innovació no hi ha cap futur possible! Encara que a vegades no ho sembli, al final l’esforç val la pena.

 


Alexis Molina, alumni del BDBI
Laura Serra, alumna del BDBI

We also recommend you