“Siento admiración por la investigación con células madre”

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¿Por qué elegiste estudiar el grado en Bioinformática?

Siempre quise aportar mi grano de arena a las ciencias de la salud, especialmente a la Medicina Regenerativa. El campo de células madre me empezó a llamar la atención desde Bachillerato. Un día mi madre me enseñó un artículo que ponía “Bioinformática, la medicina del futuro” y decidí estudiar el grado para aplicar estos conocimientos a la investigación con células madre.

¿Qué recuerdo guardas de tu paso por el BDBI?

No fue una carrera fácil, de hecho, es uno de los retos más difíciles que he completado en mi vida. Ahora lo veo con perspectiva y no me arrepiento, ha sido mi trampolín para llegar donde estoy ahora.

En 2019 hiciste las prácticas del BDBI en el mismo Cambridge Stem Cell Institute donde ahora cursas el doctorado. ¿Por qué Cambridge?

Cambridge no era mi meta, sino con quién quería trabajar. Sentía admiración por la investigación de células madre pluripotentes del laboratorio del Prof. Ludovic Vallier y le contacté para hacer las prácticas del BDBI en el departamento de Cirugía con dos años de antelación. Le informé que no tenía suficientes conocimientos, pues solo acababa de empezar la carrera, pero le dije que le volvería a escribir en mi último curso y así lo hice. Le reenvié mi correo y aún se acordaba de mí.

Cuando estaba finalizando las prácticas, justo antes de graduarme, apliqué a distintas ofertas de trabajo y aunque llegué al final del proceso de admisión de la mayoría, me acabaron rechazando en todas. Sin embargo, en uno de los paneles donde me entrevistaron estaba el Prof. Bertie Gottgens, PI en Hematología de la Universidad de Cambridge, quien vio en mí un potencial que los demás ignoraron. Las buenas referencias del Dr. Vallier y la Dra. Bigas del IMIM le motivaron a enviarme un correo en el que decía “quiero que te unas a nosotros” y me ofreció trabajar para él como asistente de investigación. Además, me animó a continuar mis estudios como estudiante del Máster de Ciencias Médicas en Hematología (Bioinformática) y me proporcionó todos los recursos necesarios para poder trabajar y estudiar en paralelo. Tras demostrar mis capacidades y con el título de Máster, no dudó en animarme de nuevo para aplicar al doctorado, también en Hematología.

Estás en un laboratorio experimental y computacional, ¿cómo es trabajar en un ambiente híbrido? ¿Qué diferencias has encontrado entre el laboratorio de Cambridge y el IMIM donde hiciste prácticas?

Tanto las prácticas del BDBI en Cambridge como en el IMIM fueron 80% experimentales y 20% computacionales. Sin embargo, tanto el Máster como el inicio de mi PhD son 100% computacionales.

Me gusta mucho poder entender la parte experimental tras los datos que analizo, hacen que los números y los gráficos sean comprensibles. Tener ambos conocimientos me hace ser más eficiente, pues descarto cosas que no tienen sentido más deprisa.

Cada experiencia en un laboratorio es un mundo y también depende del nivel de conocimientos. Ahora que soy experta en un campo, me exigen muchísimo más y soy más independiente, tengo más responsabilidades, pero sigo disfrutando de lo que hago cada día.

¿Cómo es tu día a día en el laboratorio? ¿En qué consiste tu trabajo?

Con la COVID-19 ahora trabajo desde casa, pues soy bioinformática y no necesito ir al laboratorio para realizar experimentos.

Un día cualquiera entre semana podría empezar con mis clases de células madre para estudiantes de primer año de doctorado, después analizo datos ómicos, atiendo de 1 a 3 reuniones o seminarios, leo artículos y finalmente actualizo mi progreso con mi supervisor.

De las 4 líneas experimentales que trabaja el departamento del profesor Göttgens, ¿en cuál estás y qué aportas?

Estoy entre la genómica de células individuales del desarrollo sanguíneo precoz y los modelos informáticos para representar el paisaje transcripcional de la diferenciación de células madre y progenitores de la sangre. Actualmente estoy estudiando transcriptómica y proteómica de células individuales para entender el paisaje de la diferenciación de células madre y progenitores de la sangre.

Equipo de investigadores del laboratorio en el que trabaja la alumni del BDBI. / Foto: Mariana Quiroga

¿Estás haciendo el doctorado con gente que haya hecho Bioinformática en otras universidades? ¿Cuál es el perfil de tus compañeros/as de doctorado? ¿Cómo es trabajar en equipo con gente de formaciones tan diversas?

El laboratorio está formado por 15 investigadores en plantilla y luego algunos estudiantes de rotación de doctorado que visitan el laboratorio durante unos meses. De esos 15, aproximadamente la mitad aplicamos bioinformática a nuestros proyectos. Sin embargo, soy la única que tiene un grado de Bioinformática como tal. Los demás han estudiado otras carreras como Biología de Células Madre, Bioquímica y Física en diferentes países del mundo y universidades prestigiosas como Cambridge, Oxford y Harvard. Algunos, además, han hecho un Máster en Matemáticas, Ciencias Computacionales o han aprendido por su cuenta.

Pero al final del día olvidamos dónde hemos estudiado y qué edad tenemos, sentimos que formamos parte de una “familia” o “equipo” con una misma meta y aportamos nuestros conocimientos a la resolución de un mismo problema.

Tu tema de investigación para el PhD trata de desarrollar una pipeline computacional que está diseñada para ser usada con datos extraídos de un tipo de secuenciación, el CITE-seq. ¿El CITE-seq es una técnica habitual en el estudio de las células madre?

Ahora estoy mejorando esta pipeline que usé en células madre de cordón umbilical en mi tesis de Máster para poderla aplicar a más contextos de células madre (por ejemplo, diferentes tejidos del ser humano). Y no, no es muy habitual trabajar con CITE-seq, de hecho es una técnica muy novedosa, justo ahora es cuando los laboratorios están publicando sobre el tema.

¿Qué retos técnicos ha supuesto utilizar datos obtenidos de CITE-seq?

CITE-seq es una técnica que estudia simultáneamente dos modalidades (mRNA y proteínas), las cuales son distintas y complejas de analizar en sí mismas por separado. El nuevo reto ha sido aprender a integrarlas sin afectar el significado real y biológico de los datos.

La visualización de datos es importante en cada vez más campos, especialmente el científico. ¿Cómo es el final de una pipeline de análisis como la que has diseñado?

La verdad es que no tiene final, lo que yo desarrollé en pocos meses será obsoleto. Debo actualizarla constantemente y adaptarla a las nuevas necesidades del laboratorio.

En el grado de Bioinformática se hace énfasis en representaciones de datos como esta. ¿Hay alguna asignatura donde hayas aprendido algún método o técnica especialmente útil para tus análisis?

Sí, actualmente aplico lo que aprendí en la asignatura de “Programación I y II”, “Visualización de datos”, “Técnicas ómicas” y “Métodos de agrupamiento (clustering) y algoritmos en genómica y evolución”. Evidentemente se necesitan las bases de biología, estadística y matemáticas.

En el futuro, ¿quieres continuar con la especialidad de células madre sanguíneas? ¿Te planteas volver a Barcelona?

Por ahora tengo tres años de doctorado por delante y muchas cosas pueden cambiar. Sin embargo, tengo varias opciones al terminar: continuar en la academia en otro laboratorio durante un tiempo como postdoc, irme de la academia y empezar en la industria biotecnológica, o hacer un MBA o Medicina.

Y sobre volver a Barcelona… ¡ojalá! Es algo que consideraré cuando se valore a los científicos y existan las aportaciones económicas necesarias para la investigación científica. Actualmente España forma a sus estudiantes de manera excepcional, pero no los motiva a quedarse para investigar. De hecho, he firmado para que la inversión en ciencia se eleve al 2 % del PIB de manera inmediata. No apoyar la ciencia implica una desventaja respecto a los demás países y por eso los estudiantes deciden irse. Si tuviera que quedarme en España, mi primera opción sería buscar trabajo en la industria biotecnológica (privada). Es lo que recomendaría a los estudiantes.