Bioinformàtica

Baldo Oliva: “El futur de la medicina passa per la bioinformàtica”

El professor del BDBI ens parla del present i el futur de les ciències de la salut

  • Joan Sánchez Ros, 25 de Juny de 2019
  • 4 mins de lectura
Baldo Oliva és el cap del grup de Bioinformàtica Estructural del Research Programme on Biomedical Informatics (GRIB).

Baldo Oliva, professor de Bioinformàtica estructural al Grau en Bioinformàtica, explica com aquesta ciència és i serà el futur de la Biologia. Els bioinformàtics són la clau per aconseguir curar malalties i també per fer canvis genètics. “Si modifiquem els gens, no hi ha barreres”.

En Baldo Oliva és investigador i expert en bioinformàtica. Des del 2001 ensenya Biologia estructural a la Universitat Pompeu Fabra i, des del 2016, també és professor del BDBI d’ESCI-UPF. Llicenciat en Química, Baldo Oliva va centrar-se en la Biotecnologia, l’equivalent analògic de la Bioinformàtica, però cansat de fer experiments tediosos finalment va decidir passar-se als ordinadors. Actualment dirigeix un grup de recerca de Bioinformàtica estructural al Parc de Recerca Biomèdic de Barcelona (PRBB).

Per què és tan important la Bioinformàtica?

Quan estava fent el doctorat, havia d’aconseguir purificar una proteïna per analitzar-la. Portava mig any realitzant l’experiment, però a l’hora de la veritat, a vegades no funcionava i la proteïna que buscava no apareixia per enlloc. Com que no entenia què passava vaig decidir repassar tots els passos del primer fins l’últim perquè ja començava a estar-ne fart. Resulta que l’últim pas, que consistia a aplicar bicarbonat a la proteïna perquè s’oxidés i quedés de color negre, era on residia el problema. El bicarbonat tendia a absorbir la humitat i, per tant, els dies humits l’experiment no sortia mai. 

Aquesta anècdota em va confirmar dues coses: que el futur de la Biologia passava per la Bioinformàtica i que jo m’hi volia dedicar.

Però si queda tot informatitzat, què té d’apassionant aquesta ciència?

El que més m’agrada de la Bioinformàtica és que és una eina: et permet fer coses i tu tries el que fas, però no et dicta el que has de fer. Als investigadors no ens cauen les respostes del cel, fem hipòtesis i intentem demostrar-les fent proves, corregint errors, reescrivint el codi, fins que trobes la resposta. Trobo molt maco aquest procés de creació i la gràcia de fer-ho amb l’ordinador és que les possibilitats són infinites. He arribat a passar-me nits senceres programant perquè hi estava enganxat!

En què consisteix el projecte de recerca que dirigeix al PRBB?

Principalment estudiem el que es coneixen com a factors de transcripció. Les proteïnes s’adhereixen a l’ADN en punts concrets i això és molt important perquè determina el punt des d’on comença a dur-se a terme la seva transcripció. Analitzant l’estructura de les proteïnes podem esbrinar quins són els factors que determinen a quin punt s’ha d’adherir i, fins i tot, fer certs canvis en la seva estructura per establir factors de transcripció sintètics i així curar malalties genètiques.

Baldo Oliva treballa amb estudiants de BDBI i Biologia humana i estudiants d’Erasmus.

Baldo Oliva treballa amb estudiants de BDBI i Biologia humana i estudiants d’Erasmus. D’esquerre a dreta: Patricia, Filip, Laura, Alberto, Ruben i Baldo.

Com us ajuda la Bioinformàtica?

Amb els ordinadors podem tractar grans quantitats de dades i després representar-les de manera visual i estudiar-ne l’estructura, que és el que fem nosaltres. També hi ha altres mètodes com el deep learning, que consisteix a proporcionar exemples a l’ordinador i que, després de fer una infinitat de càlculs, aquest tregui les seves pròpies conclusions. Amb aquest segon sistema corres el perill de no saber què està passant durant els càlculs o quines són les bases que fonamenten els resultats obtinguts.

No et preocupen els debats ètics al voltant de la Biogenètica? 

No em plantejo dilemes ètics perquè tot el que faig es limita a un camp teòric. Les aplicacions que puguin tenir en el futur els estudis que realitzem aquí poden ser múltiples, però nosaltres només ens dediquem a investigar i no a posar-ho en pràctica. A banda, sempre teoritzem sobre modificacions del fenotip, que seria el resultat de les interaccions genètiques, i no modifiquem el genotip, que seria l’essència dels gens.

Com relaciones la recerca amb la docència?

A l’assignatura de Bioinformàtica estructural, una de les coses que aprenen els estudiants és a modelar estructures, no només a analitzar-les, també fer-ne el model, construir-ne l’estructura i després interpretar-la. És per això que aquesta assignatura està molt relacionada amb la meva recerca, perquè es centra en el mètode d’anàlisi de les dades: l’estructura. A més, es tracta d’una assignatura eminentment pràctica i, per tant, a vegades aprofito les coses que estem investigant per portar exemples nous a classe o com a preguntes per als exàmens. De totes maneres, la tasca de recerca, al cap i a la fi, també suposa un exercici docent. Gran part de la feina la fan els estudiants en pràctiques i, com que ja saben programar, jo em dedico a orientar-los i supervisar les seves tesis. 

Quines opcions laborals té un estudiant de BDBI?

El grau et proporciona unes eines molt versàtils i per tant adquireixes uns coneixements que són útils en diversos camps. Els bioinformàtics van molt demandats per altres investigadors que no tenen els mateixos coneixements en informàtica. També conec estudiants que han acabat muntant empreses que no tenen res a veure amb el camp de la biologia gràcies als coneixements d’informàtica i n’hi ha d’altres que els han combinat amb els de biologia per investigar. 

Com canviarà la Bioinformàtica en els propers anys?

El futur de la Bioinformàtica passa per la medicina. El gran repte és allargar l’esperança de vida, no només curant malalties, també aconseguint canvis genètics que seran possibles gràcies a ciències com aquesta. Si modifiquem els gens, no hi ha barreres. Gràcies a la Bioinformàtica es podran realitzar tots els estudis necessaris de manera molt àgil i obtenir-ne les conclusions més aviat.

També et pot interessar